Общий список: Например - все ссылки из вебмастера
Уже известные: Ссылки из биржи
В остатке: Естественные ссылки

Как найти ссылки не в индексе?

Все ссылки - все ссылки из вебмастера

Известные - ссылки в бирже

В результате получаем ссылки в индексе

Далее вставляем ссылки в индексе известные

а ссылки из биржи во все.

получаем ссылки не в индексе

Пример

все ссылки из вебмастера

известные (куплены в бирже)

yandex.ru

google.ru

yandex.ru

google.ru

mai.ru

ramber.ru

в остатке получаем ссылки в индексе

yandex.ru

google.ru

вставляем ссылки из биржи во все ссылки

ссылки в индексе - в известные

yandex.ru

google.ru

mai.ru

ramber.ru

yandex.ru

google.ru

в остатке видим ссылки не в индексе

mai.ru

ramber.ru

Да, через жопу :)